Import FROGS

## phyloseq-class experiment-level object
## otu_table()   OTU Table:         [ 388 taxa and 57 samples ]
## sample_data() Sample Data:       [ 57 samples by 12 sample variables ]
## tax_table()   Taxonomy Table:    [ 388 taxa by 7 taxonomic ranks ]
## [1] 57
## [1] 388
## [1] 11
## [1] 94

La table importée depuis FROGS contient 57 échantillons 16S.
On retrouve 388 taxons, 11 embranchements (Phyllum) et 94 familles dans nos échantillons.


##Normalisation des échantillons ???


Diversité alpha


On peut observer des différences de diversité alpha en fonction de différents paramètres.
Les graphiques ci-dessous montrent par exemple la diversité alpha des échantillons en fonction de la campagne, du coupon et du jour pour les campagnes A et B, et en fonction de la campagne et du bioréacteur (concentration en Q) pour les campagnes E et F.


Diversité en fonction du traitement en ATB.


On peut également s’intéresser à la richesse de nos échantillons, en fonction de la concentration en ATB par exemple, notamment avec l’indice de Shannon.

On peut ainsi voir qu’il semble y avoir une richesse plus faible pour les échantillons ayant subi un traitement en ATB.


Diversité beta

Diagramme de Venn.